はてなキーワード: 田中敦とは
SARS-CoV-2のオミクロン株(特にBA.1, BA.1.1, BA.2)の形成過程を分子進化の観点から解析。
特にスパイク(S)タンパク質のアミノ酸変異の順序とその獲得メカニズム、相同組換えの有無を明らかにすることを目指す。
通常のウイルス進化では見られる**「変異の段階的蓄積」や「相同組換え」**では、オミクロンのような多変異型株の形成は説明できない。
特にBA.1、BA.1.1、BA.2には、元のWuhan株のアミノ酸配列を一部残した「中間型」ウイルス株(BA.1-0.1等)が存在するが、それらは非常に不自然な形で出現している。
自然進化では非同義変異と同義変異が一定割合で見られるが、オミクロン株では非同義変異がほとんどで、同義変異がほぼ見られない。
Omicron株(BA.1およびBA.2)の配列を併せ持つリコンビナント株が2020年のプエルトリコで検出されており、これも自然進化の時間軸とは合致しない。
人工的な遺伝子操作(reverse genetics)による合成の可能性を提示。
スパイクタンパク質の機能研究や感染性・免疫回避性の解析目的で意図的に変異が導入された可能性。
自然進化では説明しきれない変異パターン、変異の順序の飛躍的飛躍から、「人工合成された変異株が世界に拡散した」という仮説の方が合理的と結論づける。